Grupo de Investigación Genómica computacional de precisión en neoplasias oncohematológicas | CEU UCH

Introducción

Las principales terapias para combatir el cáncer que se usan hoy en día incluyen radioterapia, quimioterapia y cirugía para eliminar las células cancerosas. Si bien cada uno de estos tipos de tratamientos tiene diferentes niveles de efectividad, también destruyen una gran cantidad de células sanas en el proceso. El análisis genómico ha demostrado ser un nuevo enfoque para juzgar el potencial beneficio de algunos agentes terapéuticos, como el perfil mutacional del tumor y la deficiencia de reparación de daño en el ADN. Estos datos resaltan la necesidad de enfoques novedosos para la integración de grandes conjuntos de datos, incluida la información genética y molecular para predecir las respuestas a tratamientos individuales. Una pregunta relacionada e igualmente importante es si un mayor conocimiento de los predictores genómicos de respuesta podría conducir a métodos mejorados para la sensibilización de los pacientes a los efectos beneficiosos de las terapias. La línea de investigación del grupo se centra en desarrollar una nueva forma de visualizar el cáncer y las neoplasias linfoproliferativas mediante la integración de datos genómicos, expresión génica y características fenotípicas de la enfermedad mediante la validación de biomarcadores “in vitro” e “in vivo” sobre la respuesta a tratamientos específicos dirigidos.

Investigador principal

Líneas de investigación

1. GENOMIC ARCHITECTURE OF TRIPLE NEGATIVE BREAST CANCER. A systems genetics analysis of cancer risk progression and therapeutic response.
Triple Negative Breast Cancer (TNBC) is an aggressive tumor subtype that accounts for 15 to 20% of all Breast Cancers and it has been associated with a higher recurrence rate. TNBC results in considerably higher mortality compared to other breast cancers and it remains very difficult to predict individual responses to therapy. These data highlight the need for novel approaches to integration of large data sets including clinical and molecular genetic information to predict individual treatment responses or survival. A related and equally important question is whether these novel approaches could lead to improved methods for sensitization of resistant patients to the beneficial effects of the therapies. Here, we are developing predictors based on combinations of gene copy number changes in DNA from paraffin embedded tumors. Identification of the specific genes involved in determination of breast cancer sensitivity to different therapies will then be used to develop novel approaches to induce sensitivity in otherwise resistant patients. Genes associated with resistance to targeted therapies will be used as the basis for development of methods for sensitization of patients to the effects of these therapeutic agents.

 
2. Role of the RUNX1/CBF-beta/p300/HIPK2 complex inhibitors in myeloproliferative neoplasms and acute leukemias.
Myeloproliferative neoplasms (MPNs) are clonal hematological malignancies with an inherent tendency to progress to acute leukemia, after a variable period of time. The mechanisms involved in the disease transformation are still unclear. RUNX1 (AML1) is a heterodimeric transcription factor that is frequently deregulated, by mutation or translocation, in human leukemia. We are evaluating the role of the RUNX1/CBF-beta/p300/HIPK2 complex in the progression of the MPNs. The in vitro antiproliferative/antiapoptotic effect of active drugs for the treatment of these diseases will be evaluated regarding the activity of the RUNX1 complex, by modifying the expression of HIPK2 by means of transfection with interference RNA or specifically inactivating p300 function with the C646 kinase inhibitor.
 
3. Use of computational and topological data análisis methods for drug repurposing in human disease.
Topological Data Analysis (TDA) is a recent and rapidly evolving field of mathematics. Its application to the study of biological questions has been steadily increasing during the last decade. Instances of the use of two fundamental TDA methods (persistent homology and mapper) have already been proven useful for the study of various biological related topics including, among others, the study of transcriptomes, copy number alterations in cancer, DNA sequence-based phylogenies, and the tridimensional structure of molecules. We are focusing initially with onco-hematological malignancies and transcriptomic analysis, but also we are specially focused on the recent Coronavirus Disease 2019 (COVID-19) outbreak, which is produced by the novel SARS-CoV-2 coronavirus, due to its highly relevance to human health. To the date, despite some potential treatment options undergoing clinical trials for testing its effectiveness against COVID-19, only remdesivir (a drug first developed as a treatment for ebolavirus infection) has been approved for its use as a COVID-19 specific treatment. DrugBank queries yielded a total of 1825 unique approved drugs with 1821 unique proteins for which 27839 PDB structures were available, of which  we already processed 25,800 successfully.
 

Título del proyecto: De la genómica del cáncer a la inmuno-oncologia. Búsqueda de biomarcadores de respuesta a la inmunoterapia anti-PD1/PDL1 en cáncer mediante una aproximación de biología de sistemas
Investigador Principal: Joan Climent Bataller
Entidad financiadora: Instituto de Salud Carlos III
Referencia:PI16/00393
Duración (desde/hasta): 2017 - 2019
Cuantía económica: 98.615 €
 
Título del proyecto: Arquitectura Genómica del Cáncer de Mama Triple negativo.Análisis mediante biología de sistemas del riesgo a la progresión tumoral y respuesta terapéutica 
Investigador Principal: Joan Climent Bataller
Entidad financiadora: Instituto de Salud Carlos III
Referencia:PI13/01887
Duración (desde/hasta): 2013 - 2016
Cuantía económica: 89.540 €

Autores: Pérez-Moraga R, Forés-Martos J, Suay-García B, Duval JL, Falcó A, Climent J.
Título: A COVID-19 Drug Repurposing Strategy through Quantitative Homological Similarities Using a Topological Data Analysis-Based Framework
Referencia revista/libro: Pharmaceutics.
Año: 2021
Clave (A:artículo; L: libro; CL: capítulo de libro): A
Índice de impacto (WoS): 4.421
Cuartil en su área (WoS): Q1
 
Autores: Jaume Fores-Martos; Ferran Català-Lopez; Sánchez-Valle J; Ibáñez K; Tejero H; Palma-Gudiel H; Climent J; Pancaldi V; Fañanás L; Arango C; Parellada M; Baudot A; Vogt D; Rubenstein JL; Valencia A; Tabarés-Seisdedos R
Título: Transcriptomic metaanalyses of autistic brains reveals shared gene expression and biological pathway abnormalities with cancer 
Referencia revista/libro: Molecular Autism 10 - 17, 08/04/2019.
Año: 2019
Clave (A:artículo; L: libro; CL: capítulo de libro): A
Índice de impacto (WoS): 5.89
Cuartil en su área (WoS): Q1 
 
Autores: Tadeo I, Gamero-Sandemetrio E, Berbegall AP, Gironella M, Ritort F,  Cañete A, Bueno G, Navarro S, Noguera R. 
Título: Lymph microvascularization as a prognostic indicator in neuroblastoma
Referencia revista/libro: Oncotarget. 2018 May 25;9(40):26157-26170
Año:2018
Clave (A:artículo; L: libro; CL: capítulo de libro): A
Índice de impacto (WoS): 5.168 
Cuartil en su área (WoS): Q1 
 
Autores: Tadeo I, Berbegall AP, Castel V, García-Miguel P, Callaghan R, Påhlman S, Navarro S, Noguera R.
Título: Extracellular matrix composition defines an ultra-high-risk group of neuroblastoma within the high-risk patient cohort.
Referencia revista/libro: British Journal of Cancer 9;115(4):480-9
Año: 2016
Clave (A:artículo; L: libro; CL: capítulo de libro): A
Índice de impacto (WoS): 5,569 
Cuartil en su área (WoS): Q1 
 
Autores: Tadeo I, Bueno G, Berbegall AP, Fernández-Carrobles MM, Castel V, García-Rojo M, Navarro S, Noguera R.
Título: Vascular patterns provide therapeutic targets in aggressive neuroblastic tumors.
Referencia revista/libro: Oncotarget.2016 Apr 12;7(15):19935-47
Año: 2016
Clave (A:artículo; L: libro; CL: capítulo de libro): A
Índice de impacto (WoS): 6,359 
Cuartil en su área (WoS): Q1 
 
Autores: Berbegall AP, Villamón E, Piqueras M, Tadeo I, Djos A, Ambros PF, Martinsson T, Ambros IM, Cañete A, Castel V, Navarro S, Noguera R.
Título: Comparative genetic study of intratumoral heterogenous MYCN amplified neuroblastoma versus aggressive genetic profile neuroblastic tumors
Referencia revista/libro: Oncogene. 2016 Mar 17;35(11):1423-32
Año: 2016
Clave (A:artículo; L: libro; CL: capítulo de libro): A
Índice de impacto (WoS): 7,932 
Cuartil en su área (WoS): Q1 
 
Autores: Mena-Varas M; Barrio L; Merino-Cortes SV; Balogh P; Ming-Qing Du; Akasaka T; Parker A; Roa S; Panizo C;Martin-Guerrero I; Siebert R; Segura V; Agirre X; Macri-Pellirezi L; Aldaz B; Vilas-Zornoza A; Zhang S; Moody S; Calasanz MJ; Tousseyn T; Climent J; Ferrandez A; Sagaert X; Melnick A; Prosper F; Oscier D; Carrasco Y; Dyer
MJ; Robles E; Martinez-Climent JA
Título: Homeobox NKX2-3 promotes marginal-zone lymphomagenesis by activating
B-cell receptor signaling and shaping lymphocyte dynamics.
Referencia revista/libro: Nat Commun.7,
Año: 2016
Clave (A:artículo; L: libro; CL: capítulo de libro): A
Índice de impacto (WoS): 12.21
Cuartil en su área (WoS): Q1 
 
Autores: Forés-Martos J; Cervera-Vidal R; Chirivella E; Ramos-Jarero A; Climent J
Título: A genomic approach to study Down syndrome and cancer inverse comorbidity: Untangling the chromosome 21
Referencia revista/libro: front Physiol. 4; 6:10
Año:2015
Clave (A:artículo; L: libro; CL: capítulo de libro): A
Índice de impacto (WoS): 3.37
Cuartil en su área (WoS): Q1 
 
Autores: Tormo E; Pineda B; Serna E; Guijarro A; Ribas G; Fores J; Chirivella E; Climent J; Lluch A; Eroles P
Título: MicroRNA profile in response to doxorubicin treatment in breast cancer
Referencia revista/libro: J Cell Biochem. 2015 Mar 19.
Año: 2015
Clave (A:artículo; L: libro; CL: capítulo de libro): A
Índice de impacto (WoS): 4.23
Cuartil en su área (WoS): Q1 
 
Autores: Gil-Cayuela C, Rivera M, Ortega A, Tarazón E, Triviño JC, Lago F, González-Juanatey JR, Almenar L, Martínez-Dolz L, Portolé
Título: RNA sequencing analysis identifies new human collagen genes involved in cardiac remodeling
Referencia revista/libro: J Am Coll Cardiol. 2015 Mar 31;65(12):1265-7
Clave (A:artículo; L: libro; CL: capítulo de libro):A
Índice de impacto (WoS): 17,75
Cuartil en su área (WoS): D1